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目前我國在自主創新方面還存在著不少問題，造成這些問題的原因在根本上都涉及體制與機制問題，需要下大力氣去突破這類障礙。

要深化科技管理體制改革。由政府驅動型轉化為企業驅動型技術創新體制，企業驅動型創新更具可持續性。由科技部門統管體制轉化為科技部門協調體制，將科技行政部門確定為科技創新的政策制定、資源使用過程監督和驗收部門。實現研發模式的調整，盡快建立和完善以市場需求為導向的研發模式，使之成為主導研發模式。

繼續強化激勵自主創新的法制和政策環境。完善和落實有利于創新的財稅和金融政策體系；加強對知識產權的保護和有關立法支持，建立一個較為完整的包括知識產權創建、管理、保護和運用的體系。構建自主創新的利益激勵機制，加強政策引導，研究和探索技術作為生產要素獲取合理報酬的方式與手段。同時通過利益調整引導企業和個人技術創新的方向與社會需求發展相一致。

逐步建立健全科技成果轉化機制。要完善創新成果的評價體制和機制，立法由獨立的社會專業機構按照公開、公平和公正原則執行科技成果評價和獎勵，由政府主管部門和公眾共同依法加強監督；強化自主創新的導向機制，建立科研項目及其成果效益的公示制度，形成政府、社會和學術界多管齊下的監督機制；建立和完善科技成果轉化的保險體系、服務體系；深化研發機構改革，探索產學研結合的新體制，分類重組科研機構，優化科技資源配置。