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現代自然科學研究在我國起步甚晚，1915年，一批年輕學者倡議成立中國科學社，發行《科學》雜志，是在這片土地上自主從事現代自然科學研究的開端。20世紀20年代，中華醫學會的一些學術刊物問世。1928和1929年，先后成立了國家級的中央研究院和北平研究院。1935年，國民黨政府通過、建立了博士學位制度，但從未實行。

起步甚晚的自然科學研究工作又受到急功近利、科技混談的政策影響，多次在似曾相識的壓力下掙扎。其實，不同時期政策要求的相似性，跨越了意識形態和政權更迭的差異，反映了歷史文化傳統的沉重束縛。

1953年朝鮮停戰之后，中國第一次有可能在較穩定的環境中全力從事經濟建設，當時工業部門的研究力量幾乎等于零，中國科學院的許多研究所為工業部門解決過大量實際問題，以物理研究所（50年代初曾經稱為應用物理研究所）為例，它承擔過的任務包括：為黑龍江阿城儀表廠解決鋁鎳鈷永磁合金澆鑄余料的再利用問題，為鞍山鋼鐵公司解決延長耐火材料壽命問題，為建筑部門研究加速水泥凝固的方法，為飛機制造工業研究鋁合金相圖，為電機業研制單取向和雙取向硅鋼片等等，這些工作多數都沒有總結成學術論文，留下來的完整記錄很少。前輩理論物理學家彭桓武為冶金提出的連續軋鋼中的鋼錠冷卻速度，專門解決了一個熱傳導問題。這篇文章30多年以后才發表在慶祝周培源先生80壽辰的文集中，可算是一個特例。總之，當時科學工作者們投身思想改造和經濟建設，并沒有十分強調自然科學基礎研究的意義。1956年制定的12年科學技術發展規劃，也沒有把基礎研究置于特別地位。這是符合當時的國情、國力的。

在1956年1月的知識分子工作會議上說：“在過去幾年中間，我國的各種工作都在開始，我們在目前需要和技術工作方面多投一些力量，而對于長遠需要和理論工作方面注意得比較少，這是難免的，也是可以理解的。但是到了現在，如果我們還不及時地加強對于長遠需要和理論工作的注意，那么，我們就要犯很大的錯誤。沒有一定的理論科學的研究作基礎，技術上就不可能有根本性質的進步和革新。但是理論力量的生長，總是要比技術力量的生長慢一些，而理論工作的效果一般也是間接的，不容易一下就看出來。正因為這樣，有許多同志現在還有一種近視的傾向，他們不肯在科學研究方面拿出必要的力量，并且經常要求科學家給他們解決比較簡單的技術應用和生產操作方面的問題。當然，理論決不可脫離實際，但是目前的主要傾向，卻是對于理論研究的忽視。”曾是何等清醒啊！然而，此后46年間，近視的傾向、簡單的要求，何曾稍減。從積極的方面回顧，三年（1957～1960年）中發生的許多事情，在外國人和后人看來，近乎荒唐，卻也反映著我們對于工業化、現代化的強烈愿望。畢竟中國科學院的規模是在那些年代奠定的，電子學、半導體、自動化、計算機的發展是從那時開始的。

到20世紀60年代中期，經歷了支持經濟建設和國防建設的我國自然科學，確實到了應當作加大縱深的戰備調整的時刻。然而，十年“”（1966～1976年）不僅耽誤了時機，還對本來就很薄弱的自然科學基礎研究進行了全面沖擊。看一看這后面的“社會輿論”，是頗富教益的。我國理論物理研究在“”期間的經歷，正好用以典型地說明傳統的理論實踐觀的作用。理論物理研究可以粗略地劃分為四個領域，粒子和場、原子核理論、凝聚態和統計物理、天體和引力。粒子物理研究由于主席1964年同坂田昌一談話中所表現的重視以及與“一分為二”哲學命題的關系，得以保存隊伍，并以70年代初楊振寧、李政道相繼訪華和1973年高能物理代表團訪美為契機，有所復蘇。核物理因為有國際背景和“核參數”任務的要求，基本維持原狀，還得以在“工農兵大學生”中要求一定的培養數目。凝聚態和統計物理是四個領域中最接近實際的，卻從哈爾濱到廣州，全部解散改行。正是因為接近實際，自認為有發言權的批評家也多。中國科學院軍代表向越南科委主任介紹物理所情況時說，“從前有一個理論研究室，理論脫離實際的典型，解散了！”與此成為鮮明對照，最為“好高騖遠”、“不食人間煙火”的天體和引力理論，在此期間有所壯大。那原因卻也是理論聯系實際。我國一些優秀的數學家轉入這一領域，對“軍宣隊”這是聯系物理實際，他們仍然可以作一點現代微分幾何，同時訓練了一些年輕人。工廠技術員到車間當工人，實驗物理工作者下廠做技術員，理論物理人員去做實驗，數學家來搞理論物理。這發生在“彎曲時空”中的“平移”，使許多人聯系了“實際”。

我國目前經濟繁榮的背后，存在著不少深層次的問題，其中一部分就涉及到自然科學基礎研究。完成人類基因組1%和水稻全基因組的測序，確是值得稱道的成績；同時也要清醒地看到，所用的自動測序機器全系舶來，還不必提及所用原理。研制出每秒萬億次以上浮點運算的大型并行處理系統，當然是重大科研成果；然而，也不要忘記關鍵芯片仍靠進口。技術引進，可以加速起步；然而，邯鄲學步、履人后塵，總難以真正技超群雄，“領導世界新潮流”。只有濃厚、廣泛而持續的基礎研究才能孕育出異軍突起的技術革命，建立起自己的支柱產業。像中國這樣的大國，更不能靠別人的基礎研究來實現自己的技術創新。

“基礎研究要有國家目標”是堂皇而正確的提法，問題在于由誰來規定這個“國家目標”。一位年輕的管理干部曾對我說，你現在從事理論生命科學研究就是符合“國家目標”的。他不知道，我早在1985年在非線性科學和復雜性問題中干得正歡時，參加了中國科學院生物學部關于生物學發展戰略的常委擴大會，此后就開始思考和準備向更為非線性、更為復雜的生命系統作戰備進軍。從1991年以來，我所在的研究組就不斷學習生物學基本知識，全力以赴做生物問題，現在其實還沒有入門。怎么能做到一旦“國家目標”下達，三年之內就出成果呢？

“管理出效益”是搬到自然科學基礎研究領域的另一種錯誤概念。生產企業、工程項目、技術攻關，理應加強管理。而不恰當的“管理”，正在妨礙我國自然科學基礎研究的根本進步。應當撤銷一批管理和評估機構，解放生產力。特別要讓大批年輕有為的學者“沉”下去做事，而不是“浮”起來當“官”，去妨礙別人安心鉆研。

科學管理部門忙于改組機構、評議課題，卻很少對科學研究的支撐體系下功夫。僅以中國科學院圖書館為例，它的讀者范圍遠遠超出基礎研究。1980年訂閱原版期刊5377種，買原版書7245種。到1991年，原版期刊數量砍到1277種，購入原版書降到642種，幾年間期刊平均訂閱價上漲8.6倍，平均書價上漲14.4倍，而該館圖書經費只增加了82%。多少高等學校圖書館停書保刊，還越保越少。我國加入世界貿易組織，影印書刊全面停止，究竟增加了多少圖書撥款以茲補償？有些領導強調國際互聯網上有大量在線期刊資料，卻不提大多數有用信息乃有償服務。全球同行中，很少有人像不少中國教授那樣，不敢放手讓學生上網，就是因為計算機網絡收費不在高處統一解決，而是往下層層加碼。學界多次呼吁，陋規至今未改。目前廣泛存在于學術界中的浮躁情緒、泡沫科學乃至學術風氣問題，在相當程度上是由急功近利的政策所引發的。一些管理科學技術事業的負責人士，總希望在自己的任期之內見到成績；掌管經濟預算的部門要聽見金元寶落水的“響聲”。自然科學基礎研究要有隊伍、有物質條件，還要有時間積累，才能“于無聲處聽驚雷”。共和國成立50多年了，從生孩子、抓教育做起，足以培育出兩三代基礎研究人才。提法不斷更新，實質上總不敢在基礎研究領域旗幟鮮明地放開步伐的科學政策，已經使我們浪費了太多的時間。

還應當指出，我國自然科學基礎研究的許多方面，還未能擺脫一種半殖民地的心理狀態。某些已經作了大教授的人士，開口閉口“我的老板”如何如何；還沒有跳出原來所學課題，卻學會了美國“老板”作風，經費多了花錢雇人為自己出文章。有些研究情況對內保密、對外開放，國內同行只能偶爾從國外訪問者中了解一二。許多課題論證實際上也是引用外國已有的論據和“權威”言論。

我國在SCI收錄的論文總數世界排名，已經由1995年的第十五位上升到2000年的第八位。然而，這里面有多少高影響力的文章呢？2000年，SCI的美國科學信息研究所做了一項統計。它把1981年到1998年發表的論文分為22個領域，每個領域內部比較，用計算機挑選出200篇“高影響論文”。扣除重復后，總計有76998篇文章入圍。這些文章中213篇至少有一個作者的工作單位在中國大陸，占0.27%，即不到千分之三。有47篇論文的全部作者的工作單位都在中國大陸，占0.061%，即略高于萬分之六。這些數字同論文總數呈尖銳對照。其實，大量發表低質量的論文乃是人力和物力的浪費，卻給某些科技界領導帶來良好的自我感覺。

現在各方面都在強調“原始創新”。原始創新從哪里來？科學家同工人、農民一樣，每天都要老老實實地勞動。沒有持續不斷的刻苦鉆研，何來創新靈感？從1960到1980年，我們曾一直強調要保證科技人員每周要有六分之五的業務時間。那是針對過多的政治運動和體力勞動。現在應當在新的意義下再次強調“六分之五”，把科學工作者從論證、檢查、評估、考核等無休無止的非科學浩劫中解脫出來。我們這個國家，如果少一些不作研究的“研究員”，不講課的“教授”，不從事科學的科學院“院士”，少一些把學生交給“保姆”而自己實際上不予過問的“博士生導師”，則科學幸甚！

科學和技術不是一回事。只抓技術，不促科學，是竭澤而漁。從科學到技術，從基礎到應用，中間需要多少次接力、傳遞、反饋，有大量的中間環節。應用研究確實是我國目前情況下最需要大量人去做的事情。它決不可能由一個人、一個單位去“一竿子插到底”。只有重視和保護相對少數的基礎研究，才能使從事基礎到應用到產品的廣大中間地帶研究和開發的人們，專心致志地工作。幾十年來的經驗一再說明，凡是過分強調應用、沖擊基礎的時期（而這樣的時期太多了）、首當其沖的正是最需要人的中間地帶，而并不完全是純基礎研究。多數人轉去謀求經濟效益，少數人撤到更為基礎的領域、或者滯留國外，最需要人的中間地帶反而成為無人缺人地段，這是我們從建國以來的多次反復中總結出來的重要教訓，希望在新的世紀，能做得好一些。