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按照《財政部國家稅務總局關于提高農產品進項稅額抵扣率的通知》(財稅[2002]12號)規(guī)定：自2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進農業(yè)生產者銷售的免稅農業(yè)產品的進項稅額扣除率由10％提高到13％。這一稅收政策的調整，無疑是國家運用稅收杠桿作用，扶持農業(yè)發(fā)展的有力舉措。

一、農產品進項稅額抵扣率提高帶來的經濟和社會效益

(一)政策效應產生巨大的直接經濟和社會效益

l．讓廣大農民和農業(yè)經營者真正看到了國家扶持農業(yè)的政策趨向。農產品進項稅額抵扣率的提高，改變了以往因扣稅率與征收率的不一致而給農產品加工企業(yè)帶來的稅負不公現象，真正實現了不同產業(yè)之間稅負的公平、合理。更為重要的是，隨著這一稅收政策及其他一系列相關政策措施的出臺，使他們真正體會到中央對扶持農業(yè)、減輕農民負擔、推進農村“費改稅”的堅強決心，從而極大地調動了農業(yè)經營者的投資和經營熱情，激勵了廣大農民種養(yǎng)殖信心，種植養(yǎng)殖規(guī)模有了大幅度提高。

2．直接降低了農產品加工企業(yè)的稅收負擔，增加了企業(yè)的利潤。一方面，進項稅額抵扣率從10％提高到13％，在不考慮市場價格因素情況下，將直接給企業(yè)帶來收購金額3個百分點的稅額，另一方面，抵扣率系按收購金額予以全額抵扣，而不考慮增值稅的價外稅特點，故按增值稅計算原理，換算成不含增值稅的抵扣率已達14．69％[農產品征收率×(1＋農產品征收率)即：13％×(1＋13％)]。國稅部門不折不扣地貫徹落實這一稅收政策是農產品加工企業(yè)降低稅負和利潤增加的重要政策性因素。

3．有力地增強了農產品的出口競爭力，緩解了一些國家對我國農產品出口設置的綠色、環(huán)保等非關稅壁壘帶來的消極影響。加入NTO，給我國農業(yè)和農產品的發(fā)展帶來了嚴峻的考驗。以市場需求為導向，發(fā)揮比較優(yōu)勢，優(yōu)化布局結構，發(fā)展特色產業(yè)，是提高農業(yè)國際競爭力的重要基礎。營造公平、合理的政策環(huán)境，也是提高農產品國際競爭力的重要方面。農產品進項稅額抵扣率的提高，在直接降低農產品稅收負擔的同時，也為其贏得了一定的價格空間。對有自營進出口經營權的農業(yè)出口企業(yè)，由于進項稅額的增多，更能享受退稅額增加的優(yōu)惠。這都在一定程度上提高了農產品的出口競爭力。

(二)政策效應帶來的間接經濟和社會效益

1．為農民創(chuàng)造就業(yè)機會，促進農民增收。隨著國家扶持農業(yè)的一系列政策措施的出臺，吸引了不少投資者興辦農業(yè)加工企業(yè)；隨著農業(yè)企業(yè)經濟效益的不斷好轉，加大了企業(yè)新建(擴建)和技改投入的力度，這都直接為農民、為社會創(chuàng)造更多的就業(yè)機會。與此同時，隨著農業(yè)加工企業(yè)生產規(guī)模的不斷擴大，帶動了農產品原材料的需求量，使農業(yè)生產基地的數量和規(guī)模不斷壯大、種養(yǎng)殖農戶不斷增多。農產品需求的增加和農民就業(yè)機會的增多，為農民增收提供了基礎。更為重要的是，隨著企業(yè)經營業(yè)績的好轉，為了穩(wěn)定企業(yè)與農戶的購銷關系，許多企業(yè)采取訂單式并實行保護價或直接提高農產品收購價等形式讓利于農民，穩(wěn)定了農民的種植積極性。

2．有利于加快農業(yè)結構調整步伐，推動效益農業(yè)的快速發(fā)展。從宏觀方面看，隨著農產品進項稅額抵扣率提高等一系列國家扶持農業(yè)的政策措施的出臺，使那些符合國際國內市場需要的特色農業(yè)企業(yè)有了快速發(fā)展，在市場機制的自動調節(jié)下，使土地、資本等主要生產要素迅速發(fā)生了結構性調整，以糧、棉、油等為代表的傳統(tǒng)產品產量明顯下降，從微觀方面看，不少經濟實力較強的農業(yè)龍頭企業(yè)，加大科技投入，提高產品的科技合量，以此增強產品的競爭力。

3．有利于土地集約化經營的形成。隨著農業(yè)加工企業(yè)與農產品生產基地之間由原先的松散型買賣關系轉向比較緊密的合作關系后，雙方已逐步建立了比較穩(wěn)定的利益共同體，使廣大農業(yè)加工企業(yè)逐步把“農場”作為企業(yè)的“第一工場”，從而對農產品基地的規(guī)模、管理等提出更高、更科學的要求，促進了土地的集約化經營。

二、農產品進項稅額政策執(zhí)行中存在的問題

(一)現行農產品進項稅抵扣政策存在明顯的政策誤區(qū)。現行增值稅實行價外稅，其銷項稅額與進項稅額的計算依據均為不包含增值稅的銷售額。而農產品進項稅額按照現行政策規(guī)定按收購金額直接乘抵扣率計算產生，沒有按增值稅“價外稅款抵扣機制”對購進農產品的“買價”進行“價稅分離”，農產品進項稅額抵扣依據與銷項稅額計算依據的規(guī)定不匹配，實際執(zhí)行時必然產生稅負不公平和“增值不增稅”等稅收流失問題。

(二)根據現行政策規(guī)定，準予按13％抵扣率計算抵扣進項稅額的農產品是指種植業(yè)、養(yǎng)殖業(yè)、林業(yè)、牧業(yè)、水產業(yè)的各種植物、動物的初級產品。財政部、國家稅務總局專門就初級農產品的范圍發(fā)文進行了明確。但在實際執(zhí)行中有幾個問題：一是對一些農業(yè)產品是否屬于初級農產品難以把握，爭議較大，譬如龍井茶是否屬于初級農產品就爭議較大；二是一些初級農產品經過簡單加工后，不再屬于初級農產品，按17％稅率征稅，造成高征低扣，企業(yè)負擔較重，也不盡合理，并且與國家大力提倡發(fā)展效益農業(yè)、加快推動農業(yè)產業(yè)化進程的宏觀政策相背離，客觀上造成納稅人為逃避不合理的稅負而多開多計農產品進項抵扣稅問題。

(三)農產品進項稅抵扣率提高后，加強對農產品收購憑證使用管理更加刻不容緩。收購憑證與其他發(fā)票最大的區(qū)別是該憑證為倒開憑證，即由收購者倒開憑證給銷售者，與一般的商業(yè)經營行為銷貨者開具發(fā)票給購貨者有著本質的區(qū)別，收購憑證如何開、開多少很大程度上由收購者自行決定，而銷售者又涉及到千家萬戶，這給稅務部門的監(jiān)控管理帶來難度。目前納稅人在使用收購憑證中主要存在以下問題：一是超范圍填開收購憑證，一些從無證經營戶手中購進的農產品，以及從農產品經營單位購進的農產品，由收購者開具農產品收購憑證，買賣雙方以此在價格上大做文章；二是收購者虛開收購憑證或在收購憑證上虛增采購金額，在數量或單價上做手腳，以擴大抵扣額。農產品進項稅抵扣率提高后，上述問題將會更加突出，如何加強對農產品收購憑證的使用管理，堵塞管理上的漏洞，減少國家稅款流失，對稅務部門來說已刻不容緩。

三、進一步加強農產品抵扣管理的對策

（一）調整現行政策，實行差別對待的稅收政策

1．全額免征初級農業(yè)產品流通環(huán)節(jié)的增值稅。基于“三農”問題已成為制約我國社會經濟進一步發(fā)展的突出問題，并且目前的農產品普遍銷售價格不高，自然損耗大，農產品流通環(huán)節(jié)增值較小、利潤空間有限的實際，為了促進農產品流通，支持農村經濟的進一步發(fā)展，宜對單純從事初級農業(yè)產品購銷業(yè)務的納稅人，視同農業(yè)生產者自產自銷農產品，給予免征增值稅的照顧。這樣，既可解決稅收管理難度大、征收成本過高的問題，也有利于有效降低農產品的流通成本，又不致對我國的整體稅收產生較大影響，達到國家、稅務機關和農產品經營者“三贏”的效果。

2．改進農產品生產、加工企業(yè)的征稅政策。具體思路是，取消憑收購專用發(fā)票抵扣稅款的政策，而采取“以銷定進”的方法，即對農產品加工企業(yè)，由總局科學測定農產品加工各行業(yè)的產出實耗率，實行銷售實耗法抵扣政策，通過核實其產品銷售數量，按照銷售實耗率測算出實際耗用的免稅農產品，然后按當月所購進的農產品加權平均價格（不含稅價格）、規(guī)定的扣除率或稅率予以計提進項稅額，而對其存貨中的農產品則不允許抵扣。具體的計算公式為：納稅人當月農產品計提進項稅=當月所收購的農產品的加權平均價格（當月產品銷售數量÷銷售實耗率）×適用稅率。這種方法既有利于促進企業(yè)加強管理，提高生產效率，在稅收上也有三個好處：一是對隱匿收入不入賬的企業(yè)，其進項稅也同樣得不到抵扣；二是有效地杜絕虛開農產品收購專用發(fā)票行為的發(fā)生，堵塞目前收購專用發(fā)票中存在的漏洞；三是不會出現因企業(yè)收購農產品多少造成進項稅忽高忽低和應納稅額大起大落的現象，有利于增值稅均衡入庫。

（二）調整進項稅額計算方式，增強政策的合理性。改變現行的對農產品進項稅額以買價計提進項稅的規(guī)定，統(tǒng)一進項、銷項稅額的計提依據，規(guī)定企業(yè)收購農產品開具的收購專用發(fā)票或取得的普通發(fā)票的票面價款為含稅價款，在計算進項稅額時，先換算為不含稅價款，再按13%的扣除率計算進項稅額抵扣稅款，從而使增值稅抵扣政策更趨合理。

（三）完善收購專用發(fā)票異地開具辦法，強化現金交易監(jiān)管。對農產品生產經營企業(yè)到異地收購農產品的，允許其申請開具外出經營活動稅收管理證明，由所在地國稅機關核準其攜帶異地使用的收購專用發(fā)票種類、數量。企業(yè)憑稅務登記證副本和經批準的外出經營活動稅收管理證明等，到收購地主管國稅機關報驗登記后即可在收購地填開空白收購專用發(fā)票，從而杜絕發(fā)票管理真空，方便收購企業(yè)經營。同時，針對現實中大量存在的農產品集中收購、現金交易普遍的實際，改變過去的“以票控稅”的傳統(tǒng)思路，實行“以資金控稅”的辦法。即：農產品收購企業(yè)在銀行設立專門的“收購資金”賬戶，開戶銀行依據農產品銷售人提供的農產品收購專用發(fā)票通過該賬戶統(tǒng)一支付收購資金，運用銀行第三方確認機制，加大對農產品收購企業(yè)收購農產品業(yè)務真實性的審核，對收購金額支付額與收購專用發(fā)票開具金額相一致的，方予抵扣增值稅進項稅款，以防止企業(yè)通過“虛開”、“高開”收購專用發(fā)票騙抵稅款。

（四）利用信息化手段，實施收購專用發(fā)票稽核、協(xié)查。首先要求農產品收購企業(yè)在開具收購專用發(fā)票時必須完整、準確地填寫投售人的姓名、身份證號碼、地址、銷售數量、單位等項目內容，并在每月納稅申報時報送農產品收購專用發(fā)票開具情況的電子信息。國稅機關依據收購專用發(fā)票所列居民身份證號碼、地址，確定投售人所在地稅務機關。對于異地收購的，通過協(xié)查系統(tǒng)委托異地稅務機關進行協(xié)查；對于本地收購的，則派員到投售人所在地進行隨機抽查，必要時也可利用公安部門金盾工程的信息數據，確定投售人的真實身份，為稽核檢查提供準確的信息。經過核查，凡是收購專用發(fā)票上沒有填列投售人身份以及所列身份證號碼不正確的，一律不予抵扣進項稅額。

（五）深入開展納稅評估，建立核查回訪制度。對于收購金額大、農產品進項抵扣比例高的農產品生產、加工企業(yè)按月實施納稅評估，重點分析判斷其申報納稅的真實性和準確性。有關評估內容至少應包括：（1）根據企業(yè)的生產規(guī)模和生產能力，通過對產量與收購量的比較分析，確定納稅人的合理損耗范圍，判斷納稅人農產品收購數量是否異常，是否符合正常的投入、產出指標范圍；（2）通過對納稅人申報的收購價格與同行業(yè)其他納稅人的比較分析，確定納稅人農產品收購價格的合理幅度，據以判斷納稅人的收購價格是否合理，是否存在虛增收購價格問題；（3）對納稅人當期開票數量、金額與其當期現金賬、銀行存款賬進行比較，查看賬實是否相符，有無貨物交易虛開收購專用發(fā)票問題；（4）結合實際情況，合理確定每次收購平均金額與按戶累計收購金額參考值標準，對企業(yè)每次收購金額超過參考值標準20%以上的，必須進行嚴格的實地審核，審核無誤后方可批準抵扣；按戶累計收購金額超過參考值標準以上20%的，必須審核貨源的真實性。通過評估，發(fā)現收購企業(yè)在申報抵扣稅款中存在問題的，除按相關法律予以處罰外，還應取消其一定時期內的進項抵扣資格。與此同時，建立必要的核查回訪等輔助制度，針對農產品收購季節(jié)性強的特點，可在農產品收購旺季，隨機選定農產品投售人進行有重點的回訪和核查。通過回訪發(fā)現收購企業(yè)有虛開發(fā)票行為的，嚴格按規(guī)定進行處罰，并公開予以曝光，震懾涉稅犯罪，減少企業(yè)利用農產品收購專用發(fā)票進行偷逃稅款的行為。